La fourmi pharaon vit en grosses colonies (certaines comptent plus de 300 000 individus). Les reines et les mâles s'accouplent dans le nid. Il n'y a pas de vol nuptial. Les mâles meurent quelques jours après l'accouplement.
L'abdomen des reines contient une spermathèque, organe où les spermatozoïdes sont gardés en vie. Après l'accouplement, les reines perdent leurs ailes et se mettent à pondre, ce qu’elles feront jusqu’à leur mort. Chaque reine produit environ 400 œufs au cours de sa vie, qui dure environ 200 jours. Un œuf fertilisé donne naissance à une femelle (ouvrière ou reine), un œuf non fertilisé à un mâle.
De l'œuf sort une larve sans pattes qui est nourrie par les ouvrières. La larve se transforme en prénymphe, puis en nymphe, et enfin en adulte, 38 jours après la ponte de l'œuf. Les ouvrières approvisionnent la colonie, s’occupent des jeunes et des reines, et défendent le nid.
De nouveaux nids sont formés lorsqu’un groupe d'ouvrières déplace une partie du couvain vers un autre site de nidification. Les colonies satellites restent souvent en contact avec la colonie mère lorsqu'elles se trouvent dans un même bâtiment. Chez cette espèce, une colonie abrite généralement plus d’une reine, parfois même plusieurs.