Déjà plusieurs siècles avant notre ère, les Mayas utilisaient le cacaoyer. Par la suite, plusieurs grandes civilisations d'Amérique centrale ont fait de même. Souvent impliqués dans les rituels et les rites de passage, les fruits de cacao servaient d'offrandes. Les Mayas et les Aztèques utilisaient aussi le beurre de cacao pour soigner différentes afflictions. À la même époque, la cabosse séchée servait de monnaie d'échange.
Les Espagnols, et par ricochet les Européens, ont découvert le cacaoyer à la suite de la conquête des Amériques, au 15e siècle. Puis, les premières chocolateries ont fait leur apparition en Italie au début du 17e siècle.
La pulpe du cacaoyer se consomme telle quelle ou sert à préparer des rafraîchissements et des liqueurs.
Les graines, riches en lipides, servent à produire la poudre de cacao utilisée pour la fabrication du chocolat et de confiseries, après fermentation et torréfaction. Elles contiennent également des matières organiques servant à produire le beurre de cacao. Enfin, les graines de cacao contiennent des alcaloïdes, dont la théobromine, un stimulant.