Cette grande plante herbacée possède une tige pouvant atteindre de 60 à 120 cm de hauteur et est couverte de poils fins, courts et doux. Les fleurs de l’eupatoire perfoliée sont petites et blanches, regroupées en corymbes plats.
Les feuilles mesurent de 10 à 15 cm, parfois jusqu’à 25 cm chez les spécimens bien développés. Elles sont opposées et perfoliées. Ceci signifie que la tige passe à travers la base des feuilles, d’où le nom de l’espèce « perfoliatum ».
Les fleurs produisent de petites graines appelées akènes (fruits secs contenant une seule graine, non ouverts à maturité). Les semences sont de couleur brun clair à brun foncé. Elles portent des pappus, des aigrettes de poils fins et blanchâtres.