En septembre 2020, Jonathan Gagné s’est joint au département de physique de l’Université de Montréal comme professeur associé. Du même coup, il est devenu membre associé de l'Institut de recherche sur les exoplanètes (iRex). Il a récemment participé à la découverte de deux naines brunes aux propriétés très étranges, en tant que membre de l’équipe internationale de Backyard Worlds: Planet 9, constituée de membres du grand public et de chercheurs en astrophysique.