La reproduction se fait en grandes colonies, constituées de plusieurs centaines de milliers d’individus, sur des îles où il n’y a ni neige et ni glace. Sur l’île de Zavodovski (dans l’archipel de South Sandwich) il y a une colonie qui rassemble 2,5 millions de manchots à jugulaire. C’est l’un des plus grands rassemblements de manchots au monde, cependant, il est fort probable que l’éruption volcanique de mars 2016 ait grandement affecté cette population.
Le manchot à jugulaire se reproduit de la fin octobre au début mars. Cette période correspond au printemps et à l’été austral car les saisons de l’Antarctique sont inversées par rapport aux saisons de l’hémisphère nord.
Le manchot à jugulaire fait un nid très rudimentaire. Son nid est fait de petits cailloux, d’ossements et de galets placés en cercle.
Le couple se retrouve puis s’accouple au mois de novembre et décembre. Deux semaines plus tard, la femelle pond 2 œufs blancs. Le mâle et la femelle couvent ces œufs à tour de rôle, et ce, pendant 31 à 40 jours (moyenne de 37 jours).
Les petits restent au nid de 20 à 30 jours avant d’aller rejoindre les autres poussins au sein d’une crèche. Une crèche est un regroupement de plusieurs petits qui sont sous la responsabilité d’un ou plusieurs adultes mais ceux-ci ne sont pas nécessairement leurs parents.
Le poussin arbore un duvet gris. Il mue deux fois avant d’acquérir son plumage définitif, celui qui lui permettra de partir s’alimenter seul en mer lorsqu’il atteint l’âge de 50 à 60 jours.
Le manchot à jugulaire atteint sa maturité sexuelle vers l’âge de 3 à 5 ans. Les liens du couple sont solides. Même si le mâle et la femelle ne sont pas ensemble durant l’hiver, ils reviennent toujours sur le même nid année après année et reforment alors le couple de l’année précédente. De plus les manchots sont capables de reconnaitre les infimes modulations du cri de son partenaire même après plusieurs mois de séparations.
Dans la colonie de manchots à jugulaire, les nids sont si près les uns des autres qu’ils n’y a, en fait, aucun espace entre eux. Le diamètre du nid fait environ 60 cm ce qui est juste assez près donner des coups de bec à leur voisin.