Les champignons causant l'anthracnose sont de taille microscopique. Ils font partie des Ascomycètes, les champignons à asques, et des Deutéromycètes, les champignons imparfaits. Ils produisent un mycélium filamenteux et cloisonné sur lequel se développent des fructifications produisant des spores sexuées ou asexuées, selon le climat et les genres de champignons.
Les Ascomycètes font deux types de spores : des conidies (asexuées) et des ascospores (sexuées). Ces dernières sont généralement regroupées par huit dans un asque, un petit sac dans lequel la méiose se produit. Les Deutéromycètes n'ont pas de forme sexuelle connue, mais produisent des conidies asexuées en abondance.
Les champignons hivernent sur les feuilles mortes, les rameaux infectés, les fentes d'écailles de bourgeons et dans les petits chancres sous forme de mycélium, de conidies ou d'ascospores, selon les espèces.
Au printemps, les spores hivernantes causent souvent la première infection en se dispersant sous l'action du vent et de la pluie.
Durant la saison de croissance, des conditions pluvieuses et fraîches favorisent le développement du mycélium et une production abondante de spores asexuées (conidies). Celles-ci se dispersent et germent rapidement, répandant l'infection sur de nouveaux tissus. Les taches foliaires apparaissent une dizaine de jours plus tard. Les champignons se multiplient tant que le climat demeure favorable.
Vers la fin de l'été, certains genres produisent aussi des ascospores, des spores sexuées résistantes, qui assurent leur survie durant les périodes défavorables (hiver, sécheresse) et maintiennent la diversité génétique de l'espèce.